Enquanto Sonic celebra o seu 20 aniversario com os amigos, um estranho buraco de tempo provocado por uma misteriosa criatura chamada Time Eater aparece, sugando todas as pessoas e espalhando-os ao longo do tempo. Enquanto Sonic procura os seus amigos, ele acaba encontrando a si mesmo alguns anos mais novo, Sonic Classico. Ambos (Sonic Moderno e Sonic Classico) decidem colaborar e competir atraves de sua historia a fim de salvar seus amigos e corrigir o fluxo do tempo.
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